荧光显微镜是一种利用紫外线为光源，照射被检物体，使之发出荧光，然后在显微镜下观察物体形状及其所在位置的光学显微镜 。它主要用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等 。以下是其相关介绍：

　　主要部件：

　　光源：多采用 200w 的超高压汞灯，其发光是电极间放电使水银分子不断解离和还原过程中发射光量子的结果。该灯泡需置于灯室中方可点燃，以免伤害眼睛和发生爆炸，且灯室要有良好的散热条件，工作环境温度不宜太高。新型超高压汞灯在使用初期不需高电压即可引燃，使用一段时间后则需高压启动（约为 15000v），启动后维持工作电压一般为 50 - 60v，工作电流约 4a 左右。200w 超高压汞灯每次使用 2h 的情况下约为 200h，开动一次工作时间愈短则寿命愈短。此外，中国研制的一种简易轻便型高色温溴钨荧光光源装置，体积小、重量轻、功率小，交、直流两用（自带直流电源），易于携带，使用方便，已得到推广应用。

　　滤色系统：是荧光显微镜的重要部位，由激发滤板和压制滤板组成。激发滤板根据光源和荧光色素的特点，可选用紫外光激发滤板（使 400nm 以下的紫外光透过，阻挡 400nm 以上的可见光通过）、紫外蓝光激发滤板（使 300 - 450nm 范围内的光通过）、紫蓝光激发滤板（使 350 - 490nm 的光通过）等，常用滤板型号的命名方式各厂家有所不同。压制滤板的作用是完全阻挡激发光通过，提供相应波长范围的荧光，与激发滤板相对应，常用的有紫外光压制滤板、紫蓝光压制滤板、紫外紫光压制滤板等。开始采用的金属膜干涉滤板，由于针对性强、波长适当，激发效果比玻璃滤板更好。

　　反光镜：反光层一般是镀铝的，因为铝对紫外光和可见光的蓝紫区吸收少，反射达 90% 以上，而银的反射只有 70%。一般使用平面反光镜。

　　聚光镜：专为荧光显微镜设计制作的聚光器是用石英玻璃或其他透紫外光的玻璃制成，分明视野聚光器和暗视野聚光器两种，还有相差荧光聚光器。明视野聚光器在一般荧光显微镜上多用，聚光力强，使用方便，适于低、中倍放大的标本观察；暗视野聚光器在荧光显微镜中的应用日益广泛，其激发光不直接进入物镜，除散射光外，激发光也不进入目镜，可使用薄的激发滤板，增强激发光的强度，压制滤板也可以很薄，因紫外光激发时，可用无色滤板（不透过紫外）而仍然产生黑暗的背景，从而增强了荧光图像的亮度和反衬度，提高了图像质量，观察舒适，还可能发现亮视野难以分辨的细微荧光颗粒；相差荧光聚光器与相差物镜配合使用，可同时进行相差和荧光联合观察，既能看到荧光图像，又能看到相差图像，有助于荧光的定位准确，但一般荧光观察很少需要这种聚光器。

　　物镜：各种物镜均可应用，但最好用消色差的物镜，因其自体荧光极微且透光性能（波长范围）适合于荧光。由于图像在显微镜视野中的荧光亮度与物镜镜口率的平方成正比，而与其放大倍数成反比，所以为了提高荧光图像的亮度，应使用镜口率大的物镜，尤其在高倍放大时其影响非常明显。因此对荧光不够强的标本，应使用镜口率大的物镜，配合以尽可能低的目镜（4×、5×、6.3× 等）。

　　目镜：在荧光显微镜中多用低倍目镜，如 5× 和 6.3×。过去多用单筒目镜，因为其亮度比双筒目镜高一倍以上，但研究型荧光显微镜多用双筒目镜，观察方便。

　　落射光装置：新型的落射光装置是从光源来的光射到干涉分光滤镜后，波长短的部分（紫外和紫蓝）由于滤镜上镀膜的性质而反射，当滤镜对向光源呈 45° 倾斜时，则垂直射向物镜，经物镜射向标本，使标本受到激发，这时物镜直接起聚光器的作用。同时，滤长长的部分（绿、黄、红等），对滤镜是可透的，因此，不向物镜方向反射，滤镜起了激发滤板作用，由于标本的荧光处在可见光长波区，可透过滤镜而到达目镜观察，荧光图像的亮度随着放大倍数增大而提高，在高放大时比透射光源强。它除具有透射式光源的功能外，更适用于不透明及半透明标本，如厚片、滤膜、菌落、组织培养标本等的直接观察。新型荧光显微镜多采用落射光装置，称之为落射荧光显微镜。